南浔境内发现的洪城、花城、上石等古文化遗址证明,早在新石器时代,原始社会氏族部落就在此繁衍生息。
相传夏禹治水,划天下为九州,南浔辖域隶属扬州。
春秋战国时期先后属吴、越、楚。公元前333年,楚以此为春申君之封邑,始建菰城县,南浔辖域隶属菰城县。
西晋太康三年(公元282年),分乌程县东乡置东迁县,县治在今旧馆。
南朝宋元徽四年,东迁县改为东安县,次年仍复名为东迁县。隋开皇九年东迁县并入乌程县。
宋太平兴国七年,分乌程县东南15乡置归安县。
民国元年(1912年),乌程、归安合并为吴兴县,今南浔辖域隶属吴兴县。
1949年5月2日,南浔解放,今南浔辖区隶属吴兴县。
1993年9月,湖州市区下设城区、南浔区、菱湖区3个区工委。南浔镇属南浔区。
2011年6月30日,湖州南浔古镇管理委员会作为区政府派出机构正式成立,领导公司对古镇区开展保护、利用、规划、建设和管理工作。