急性胃肠炎针对细菌感染引起的腹泻，可以选择有针对性的抗生素如庆大霉素、氧氟沙星等，最好在医生指导下使用，不要滥用抗生素，必要时需行便细菌培养等检查，明确感染的细菌种类。
病毒感染引起的腹泻不需要使用抗生素，可以使用中医中药治疗，可以使用质子泵抑制剂，如奥美拉唑等减轻上腹痛、恶心等症状，注意补充水分，可以口服补液盐，必要时建议到医院行静脉补液治疗。饮食易清淡，忌油腻、生冷、刺激食物。
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