慢性胃食管反流病史反流和烧心是其典型的症状，可引起胸骨后的疼痛，进食后胸骨后不适食物，通过困难，反流严重时导致吞咽困难的发生，引起食管的狭窄，而且因胃食管流病严重后，部分病人可以引起Barrett食管的发生，导致发生食管腺癌来的几率增高，而且慢性胃食管反流病时食管粘膜损伤严重，可引起呕血黑便。
另外，因为胃酸甚至胆汁食物反流至咽部，引起咽喉炎，咳嗽，哮喘，牙蚀症发生的几率明显增高，可导致吸入性肺炎，引起间质性的肺纤维化发生增高。
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