《琅琊榜2》主要讲述长林王府遭人陷害,父兄相继去世,二公子萧平旌逐渐学会成长的故事。该剧的背景设定在《琅琊榜》的几十年后,萧景琰的儿子继承王位,萧庭生被封为长林王,先后有了两个儿子,萧平章和萧平旌。
作为长林王府的世子,萧平章肩负起保家卫国的大业,他在战场上出生入死,立下赫赫战功,最后却因遭人陷害战死沙场,萧平章死后,萧平旌接替哥哥驻守边疆,从原本无忧无虑的王府二公子成为上阵杀敌的英雄。
好景不长,荀皇后的哥哥荀白水暗中扶植萧元启对抗长林王府,使长林王府因陷害被封府,萧庭生去世,长林军编制被撤,这一系列的事情使萧平旌面临前所未有的打击,还落得个抗旨的罪名,在众人的帮助下,萧平旌为长林王府洗脱罪名后便过起隐居的生活。
萧元启逼宫时,萧平旌再度出山,起兵勤王,最后成功挫败了萧元启的阴谋,使百姓重新过上安居乐业的生活,将大梁边境整顿完毕后,萧平旌不顾皇帝的再三挽留,毅然决然的抛下功名利禄,和爱人一起归隐,远离俗世纷争。